Assas Recherche | Etude de l'architecture du génome de Deinococcus geothermalis pour la conception et l'ingénierie de voie métaboliques hétérologues

Etude de l'architecture du génome de Deinococcus geothermalis pour la conception et l'ingénierie de voie métaboliques hétérologues (Document en Anglais)

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Modalités de diffusion de la thèse :

Thèse confidentielle jusqu'au 23/11/2027.
Thèse soumise à l'embargo de l'auteur : embargo illimité (communication intranet).

Informations sur les contributeurs

Auteur : Zaworski Julie

Zaworski, Julie

Nom

Zaworski

Prénom

Julie

Nationalité

Français

Date de soutenance : 23-11-2017

Directeur(s) de thèse : Képès François

Képès, François

Nom

Képès

Prénom

François

Etablissement de soutenance : Université Paris-Saclay (ComUE)

Université Paris-Saclay (ComUE)

Nom

Université Paris-Saclay (ComUE)

Laboratoire : Institut de biologie systémique et synthétique (Evry)

Institut de biologie systémique et synthétique (Evry)

Nom

Institut de biologie systémique et synthétique (Evry)

Ecole doctorale : École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)

École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)

Nom

École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)

Informations générales

Discipline : Sciences de la vie et de la santé
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Deinococcus, Ingénierie métabolique, Architecture du génome
Mots-clés :

Génétique bactérienne
Microorganismes -- Biotechnologie

Résumé : Deinococcus geothermalis est un organisme non-model intéressant pour les bio-productions de part sa résistance extrême et ses capacités de fermentation partant de diverses sources de carbone. Cependant les outils d’ingénierie permettant une fine maîtrise des voix métaboliques restent limités pour cet organisme. Le but de ce travail de thèse, est d’essayer de surpasser cet obstacle à travers l’observation des motifs génétiques et de leur organisation. L’analyses de ces motifs a été menée via deux approches. La première est l’étude de l’impact de la position dans le génome sur l’expression d’une cassette reportrice. Grâce à une collection de 150 souches, nous avons observé que l’expression est plus forte au niveau de l’origine de réplication que du terminus. Une autre observation concerne la présence de zone de forte expression réparties symétriquement le long du chromosome. La seconde approche est l’analyse des motifs génétiques en cas de stress grace outil GREAT:SCAN:patterns. Ces motifs sont fortement liés régulation de l’expression des gènes et sont des points intéressant pour l’ingénierie du génome. En analysant les résultats de différentes conditions de stress ainsi que les régulons décrits dans la littérature, nous avons pu observer que des stress voisins partagent les mêmes motifs et que ces motifs semblent conservés chez des organismes distants. Ces deux approches ont permis de déterminer des positions d’insertion dans le génome intéressantes pour l’ingénierie métabolique.

Informations techniques

Type de contenu : Text, Image, StillImage
Format : PDF

Informations complémentaires

Entrepôt d'origine :

STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises

Identifiant : 2017SACLE031
Type de ressource : Thèse