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Implication des intégrons dans l’adaptation des communautés bactériennes (Document en Français)

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Modalités de diffusion de la thèse :

Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 01/11/2016 (communication intranet).

Informations sur les contributeurs

Auteur : Abella Justine Marie

Abella, Justine Marie

Nom

Abella

Prénom

Justine Marie

Nationalité

Français

Date de soutenance : 09-12-2015

Directeur(s) de thèse : Cagnon Christine

Cagnon, Christine

Nom

Cagnon

Prénom

Christine

Etablissement de soutenance : Pau

Pau

Nom

Pau

Ecole doctorale : École doctorale sciences exactes et leurs applications (Pau, Pyrénées Atlantiques ; 1995-)

École doctorale sciences exactes et leurs applications (Pau, Pyrénées Atlantiques ; 1995-)

Nom

École doctorale sciences exactes et leurs applications (Pau, Pyrénées Atlantiques ; 1995-)

Informations générales

Discipline : Physiologie et biologie des organismes-populations-interactions Microbiologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Intégrons environnementaux, Diversité, Intégrase, Cassettes de gène, Contaminations chimiques, Pollution pétrolière, Contamination aux métaux
Mots-clés :

Sols -- Pollution
Sols -- Pollution par les hydrocarbures
Sols -- Teneur en métaux lourds

Résumé : Les intégrons sont des éléments génétiques bactériens. Découverts récemment dans le contexte clinique, ils sont présents dans le génome d’un certain nombre de bactéries provenant d’environnements très variés. Ils sont composés d’un gène codant une intégrase et d’une succession de cassettes de gènes. L’activité de l’intégrase permet l’acquisition, la perte ou le réarrangement des cassettes. Par ailleurs un promoteur permet l’expression des cadres de lecture contenus dans les cassettes de gène. Ainsi les intégrons sont à la fois des réservoirs de gènes et des systèmes d'expression de ces gènes. Dans le contexte clinique, ils sont connus pour être impliqués dans l'adaptation des bactéries pathogènes. Ils sont en effet capables d'acquérir et de diffuser des gènes conférant un avantage sélectif face à la pression exercée par l’usage des antibiotiques et des biocides, et par ailleurs d’être mobilisés afin d’être transférés horizontalement. Quelques études ont porté sur les intégrons en dehors des environnements cliniques. Elles ont permis de caractériser de nombreuses cassettes de gènes, sans toutefois en atteindre toute la diversité, à partir de bactéries ou de communautés bactériennes issues d’environnements soumis à différents niveaux de contaminations. Cependant, la diversité de l'intégrase a été peu étudiée, car le plus souvent les études se sont limitées aux séquences d’intégrons cliniques. Ainsi, les intégrons environnementaux sont encore mal connus et mal caractérisés. Les objectifs de ma thèse étaient de caractériser la diversité des intégrons environnementaux, avec un focus particulier sur les intégrases, à partir d’environnements soumis à des contaminations chimiques variables, dans le but d’évaluer le rôle possible des intégrons dans l'adaptation des bactéries face à des perturbations environnementales. Au cours de ces travaux, environ 800 séquences d’intégrases différentes, pour la plupart encore inconnues, ont été obtenues à partir de différents sédiments d’eau douce et côtiers. Des études in situ et en microcosmes, d’environnements d’eau douce ou de milieux côtiers, et avec différents types et niveaux de polluants, ont permis de mettre en évidence un impact des contaminations du milieu sur la diversité des intégrons, sur l’intégrase comme sur les cassettes de gène, de manière indépendante à la structure de la communauté bactérienne. Enfin, lors de cette thèse a été réalisée la caractérisation d’un intégron potentiellement adaptatif face à une pollution pétrolière, porteur de la séquence intIOPS mise en évidence et nommée par Lionel Huang lors de sa thèse. Finalement, les résultats obtenus lors de cette thèse ont apporté de nouveaux éléments qui viennent soutenir notre hypothèse principale que les intégrons environnementaux seraient impliqués dans l’adaptation des communautés bactériennes en réponse à la présence de contaminants dans les milieux non cliniques.

Informations techniques

Type de contenu : Text
Format : PDF

Informations complémentaires

Entrepôt d'origine :

STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises

Identifiant : 2015PAUU3051
Type de ressource : Thèse