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Métaheuristiques parallèles hybrides pour le docking moléculaire de protéines sur grilles de calcul (Document en Anglais)

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Modalités de diffusion de la thèse :

Thèse soumise à l'embargo de l'auteur : embargo illimité (communication intranet).

Informations sur les contributeurs

Auteur : Tantar (Tantar), Alexandru-Adrian

Tantar (Tantar), Alexandru-Adrian

Nom

Tantar

Nom de naissance

Tantar

Prénom

Alexandru-Adrian

Nationalité

Date de soutenance : 04-06-2009

Directeur(s) de thèse : Talbi El-Ghazali

Talbi, El-Ghazali

Nom

Talbi

Prénom

El-Ghazali

- Melab Nouredine

Melab, Nouredine

Nom

Melab

Prénom

Nouredine

Etablissement de soutenance : Lille 1

Lille 1

Nom

Lille 1

Ecole doctorale : École doctorale Sciences pour l'Ingénieur (Lille)

École doctorale Sciences pour l'Ingénieur (Lille)

Nom

École doctorale Sciences pour l'Ingénieur (Lille)

Informations générales

Discipline : Computer Science
Classification : Informatique

Mots-clés libres : Arrimage moléculaire
Mots-clés :

Protéines -- Conformation - Échantillonnage
Heuristique
Parallélisme (informatique)
Grilles informatiques
Calcul intensif (informatique)
Bioinformatique

Résumé : Cette thèse porte sur les méta-heuristiques hiérarchiques parallèles adaptatives pour l'échantillonnage conformationnel. Étant un problème hautement combinatoire et multlmodal, l'échantillonnage conformationnel requière la construction d'approches hybrides à large échelle. Après une analyse dei modèles mathématiques, nécessitant l'examen des différentes formulations du champ de force, nous avons proposé une étude des opérateurs de variation et des méthodes de recherche locale adaptés au problème ainsi que leur hybridation dynamique et adaptative. Cette étude nous a conduit à la proposition de mécanismes d'adaptation des paramètres des algorithmes utilisés en fonction du processus d'évolution. Dans cette thèse, nous proposons également des algorithmes adaptatifs hybndes hiérarchiques distribués, fortement extensibles. L'expérimentation, basée sur l'utilisation de multiples modèles parallèles, démontre la grande efficacité de ces algorithmes. En effet, les résultats obtenus montrent que des RMSD moyens en dessous de 1.0 A peuvent être obtenus sur des instances difficiles des problèmes de prédiction de la structure des protéines et de docking moléculaire. La validation des approches hybrides proposées a été effectuée sur Grid'5000, une grille expérimentale d'échelle nationale composée d'environ 5000 coeurs de calcul. Une image système a été développée en utilisant Globus pour permettre des déploiements distribués à large échelle. L'approche hiérarchique distribuée construite a été ainsi déployée sur plusieurs grappes, avec près de 1000 coeurs de calcul.

Informations techniques

Type de contenu : Text
Format : PDF

Informations complémentaires

Entrepôt d'origine :

STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises

Identifiant : 2009LIL10166
Type de ressource : Thèse